Das Pflanzsubstrat sollte einerseits gut wasserdurchlässig sein, und gute Drainage Eigenschaften besitzen, bei der überschüssiges Wasser abfließen kann. Es muss Sauerstoff an die Wurzeln lassen, sollte andererseits aber auch Wasser speichern können, damit der Bonsai bis zum nächsten Wässern ausreichend mit Feuchtigkeit versorgt wird. Die alleinige Verwendung von handelsüblicher Blumenerde erfüllt diese Eigenschaften meist nicht, da sie zu fein ist und die Erde zu nass bleibt, so dass kein Sauerstoff an die Wurzeln gelangen kann, was zur Erkrankung des Baumes und zum faulen der Wurzeln führen kann. Es empfiehlt sich deshalb als Substrat eine Mischung aus grobkörnigem anorganischem Substrat, das seine Struktur möglichst lange behält. Für eine gute Erdmischung haben sich deshalb Komponenten wie Lavagranulat, Bimskies, Splitt, Blähton und Humus, sowie japanisches Akadama (Lehmgranulat) und Kanuma ( saures Substrat für Moorbeetpflanzen wie Azaleen) bewährt.
Damit ihr Bonsai kräftig und gesund bleibt, muss er ca. alle 2 bis 5 Jahre neue Erde erhalten und umgetopft werden (junge Bonsai öfter als alte). Der beste Zeitpunkt zum Umtopfen ist das zeitige Frühjahr, wenn der Bonsai noch kein Laub zu versorgen hat. Drehen Sie den Bonsai auf den Kopf und nehmen ihn aus seiner Schale und betrachten das Wurzelwerk. Ist der Ballen stark verwurzelt und hat mehr Wurzeln als Erde, sollten Sie umtopfen. Dabei müssen auch die Wurzeln ein Stück zurück geschnitten werden. Wählen Sie eine Schale aus, die vom Verhältnis zur Baumkrone passt und in der der Bonsai gut wirkt. Durch die verschiedenen Formen und Farben der Schalen entstehen unterschiedliche Eindrücke. Erst eine schöne edle Schale, die eine Harmonie mit dem Baum eingeht, macht das Gesamtbild des Bonsai perfekt.